Bioconductor镜像使用帮助

Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。

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使用方法：Bioconductor 镜像源配置文件之一是.Rprofile（linux 下位于 ~/.Rprofile, Windows 下位于~\library\base\R\Rprofile）。

在文末添加如下语句或在R/RStudio终端下键入：

• 校园网：

  options(BioC_mirror="http://10.20.252.4/bioconductor")
  options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE="http://10.20.252.4/bioconductor/config.yaml")
  

• HPC集群：

  options(BioC_mirror="http://mirrors/bioconductor")
  options(BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE="http://mirrors/bioconductor/config.yaml")
  

打开R即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。

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安装与使用Bioconductor

命令如下：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package_name")